華やかな舞踏会の繰り広げられる特別列車。
その車中には、特別任務の命を受けたシリウス、
スピカ両小隊の姿も。
今回の任務は、王位を継承する王子の警護と予告された
暗殺計画の阻止である。
列車は順調に運行され、継承式の行われるパルティスのある
空域に差し掛かかる。
しかし、その空域には、すでに所属不明の武装列車が
待ち構え、激しい戦闘が開始されてしまう。
その戦闘の最中、王子とルイは脱出するが、2人を追って
暗殺部隊の追撃が始まる。
銀河鉄道空間軌道上に所属不明の船舶が迫っていた。
管理局の警告の甲斐も無く船舶は軌道リングに激突、
さらにその路線を通過中のキグナス6号が衝突する
大惨事に発展してしまう。
キグナス6号は、負傷した乗客を乗せ自力で付近の惑星
エウメネスへとたどり着く。エウメネス住人の協力による
救護活動で最小限の被害ですんだと思われたが、
先に衝突事故を起こした船舶は、新型ウイルスの開発を
する実験船であることが判明する。
銀河鉄道の新たな道しるべ、デレクトゥス分岐点。その宙域は、かつて未確認戦艦と交戦の末、学の父、
渉が散った場所である。
任務を終えたシリウス小隊とケフェウス小隊は、整備と補給の
ために立ち寄ったが､何者かの手により分岐点が
乗っとられてしまった。
すべての車両と分岐点のコントロールを掌握した犯人は、
銀河鉄道管理局に対し身の代金を要求。
そのころ、渉の慰霊碑がある区画には学とローレンスの
姿があった。
惑星エンポリウム。そこは様々な芸術で彩られた宇宙のオアシス。
学、ユキ、ルイの３人は、任務のため特別急行列車
ペルンシュタイン号とともにこの惑星を訪れていた。
任務を終えた３人は、バルジのはからいにより、
とあるコンサートに出かける。銀河一とうたわれた名指揮者
ゲルハルト・フォン・コーリヒ。
しかし、本番前の舞台裏では重大なトラブルが発生していた。
